白く霞む、曇り空――白の世界。
平穏な日々を送っていた高校２年生の主人公・｢愛日梨（あいり）｣は、
ある雨の日の放課後、一人の青年と出会う。

傘もささずに佇むその青年は、愛日梨に｢迎えに来た｣と告げ、
不審に思い逃げ出した彼女を捕まえてしまう。

ふと気づくと、愛日梨は見知らぬ風景の中にいた。
先程の青年は「黒うさぎのレイン」と名乗り、こう告げる。

｢アリス、お前はこれからこの世界の女王になるんだ｣、と――。

澄み渡る青空――黒の世界。
もうひとりの主人公・｢ルナ｣が女王として治めるこの国で、
突如クーデターが起きた。

状況を重く見た側近・黒うさぎのレインと白うさぎのスノウは、
｢女王を白の世界へ避難させ、新たな女王候補を連れてくる｣計画を実行する。

こうしてルナは白の世界へ連れ出され、
愛日梨は黒の世界へ連れてこられた。

交換された二人の少女、そして二つの世界に隠された秘密とは――。