1992年9月。
東京はキョムと呼ばれる組織の総攻撃を受けた。
後に『東京ロストライフ現象』と名づけられる事件の、これが始まりである……。

保育士として働いていた織部碧は、破壊される東京の街を子供達とともに逃げていた。
しかし、その最中で一度は意識を失ってしまい、目を覚ましたときには子供達の姿はなかった。
彼らを探すために、博物館に展示されていた人機・ナナツーの上の座席に乗り込んだ碧だが、それは思ったようには動いてくれなかった。

「もしかして……下の座席……！」
「ご名答。こいつは旧式だからな。上だけじゃ動かねぇよ」

そこへ現れたのは小河原両兵。
彼はナナツーの下の座席に乗り込むと、ナナツーを起動させた。
これで子供達が探せると思った碧だが、直後にキョムの人機・バーゴイルに襲われてしまい、選択の余地もなく戦いに巻き込まれてしまう。

「守りたいものがあるなら……お前の力で守ってみせろっ！！」

自分の置かれた状況に困惑しながらも、碧は両兵の言葉で決意を固め、占領された東京を取り戻す戦いに身を投じていくのだった……。