突如現れた「モナ・クロマティック博士」。彼の持つザップガンで世界中の橋やビルなど、あらゆるオブジェクトをモノクロピクセルに変えてしまいました。「ピクセル」シリーズでおなじみのドタバタコンビ「スコアちゃん＆ギグ」が、元の世界に戻すために、立ち上がります。そして、パズルを解きながら、博士の跡を追いかけ、この混乱を生んだ原因を探り、背後にいる真犯人を見つけましょう。
広大なマップを歩き回り、モノクロピクセルになってしまったオブジェクトを探しましょう。そこでボタン押すと、お絵かきパズルが始まります。クリアすると、元のオブジェクトの姿に戻ります。「植物」、「絵」など飾り用のオブジェクトもありますが、「階段」などは、実際に上ることができます。中には、幾つかのパズルが組み合わさり、全て解くことで出現する巨大なもの（車や灯台など）もあります。合計で300以上のパズルがお楽しみいただけます。尚、パズルをクリアすると、XP（体験数）が獲得でき、XPゲージを積み上げられます。ゲージを満タンにすることで、レベルアップやより難易度の高いパズルが、プレイできるようになります。
果たして、スコアちゃん＆ギグは、おなじみのマトリックス教授を助け、世界を救うことはできるでしょうか。