新たなキャラクターの加入、新規ロケーションや戦場を含んだいくつかの章で構成された、本編とは別のストーリーです。

本編の進行度にかかわらず、タイトル画面の「サイドストーリー」から始めることができます。
難易度はノーマル・ハードの二種類です（難易度「ルナティック」はありません）。
サイドストーリーのセーブデータは本編と独立しており、セーブスロット数は3個です。(オートセーブも本編と独立しています)
続きから再開する場合は、タイトル画面の「続きから始める」を選び、ZLボタンまたはZRボタンで本編とサイドストーリーのデータを切り替えることができます。

また、サイドストーリーの進行度に応じて下記の内容が本編に追加されます。
・散策できる大修道院の新エリア
　※自室近くにいる「怪しい商人」に話しかけてください。
・大修道院でスカウトできる新キャラクター
　※第一部でのみスカウト可能です。
・クエスト、アクティビティ、兵種、新キャラクターにまつわる外伝、新たな支援関係など
・エキスパンション・パス追加要素のアンナ用衣装「戦う商人の服」